L'articolo 13, n. 1, della tariffa allegato A, parte I, annessa al DPR 26 ottobre 1972, n. 642, prevede l'applicazione dell'imposta di bollo nella misura di euro 2,00 su ogni esemplare di "Fatture, note, conti e simili documenti, recanti addebitamenti o accreditamenti, anche non sottoscritti, ma spediti o consegnati pure tramite terzi; ricevute e quietanze rilasciate dal creditore, o da altri per suo conto, a liberazione totale o parziale di una obbligazione pecuniaria" deve essere apposta la marca da bollo di 2,00 euro.
Sono generalmente esenti dall'imposta di bollo le fatture, le ricevute, le quietanze, le note, i conti, le lettere ed altri documenti di accreditamento e di addebitamento riguardanti il pagamento di corrispettivi di operazioni assoggettate ad IVA.
L'imposta non è dovuta quando la somma non supera 77,47 euro (ex L. 150.000). Se la fattura evidenzia contemporaneamente importi soggetti ad IVA e importi non soggetti, qualora questi ultimi siano di importo superiore a € 77,47 è dovuta l'imposta di bollo (C.M. 2.01.1984, n. 301333 e Ris. Ag. Entrate 3.07.2001, n. 98).
La tabella che segue riporta le principali fattispecie di applicazione (o meno) dell'imposta di bollo (D.P.R. del 26/10/1972 n. 642, e successive modifiche) in caso di emissione di fattura:
Dal 1° gennaio 2019, il pagamento dell'imposta di bollo relativa alle fatture elettroniche emesse in ciascun trimestre solare deve essere effettuato entro il giorno 20 del primo mese successivo.
Ogni soggetto passivo Iva, all'interno dell'area riservata del sito internet dell'Agenzia delle entrate, trova indicato l'ammontare dell'imposta dovuta sulla base dei dati presenti nelle fatture elettroniche correttamente elaborate e non scartate dal Sistema di interscambio.
Il Decreto-legge n. 124/2019 ha modificato la scadenza per il pagamento dei bolli virtuali sulle fatture elettroniche prevedendo un pagamento semestrale se l'importo dovuto risulta inferiore a mille euro.