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Il regime sanzionatorio delle operazioni soggette a reverse charge è disciplinato dall'art. 6, comma 9-bis, del Dl. 471/97.

L'evoluzione normativa in materia ha portato il legislatore a recepire sempre più i dettami imposti a livello europeo, volti al rispetto dei fondamentali principi di proporzionalità delle sanzioni comminate.
Le violazioni delineate dall'assunto legislativo sono sostanzialmente suddivisibili in due gruppi, utilizzando come variabile dicotomica l'assolvimento e il relativo versamento dell'imposta sul valore aggiunto.

Sanzioni comprese tra il 100% e il 200% dell'imposta non assolta (con limite minimino pari a 258 euro) nei casi di omesso versamento, sia qualora il cessionario non abbia applicato correttamente il meccanismo contabile di inversione che nell'eventualità in cui il cedente abbia erroneamente assoggettato ad Iva la propria fattura emessa, senza però successivamente versare l'imposta all'Erario.

Penalità più leggera invece se, pur avendo commesso errori in sede di reverse charge, le parti in causa abbiano provveduto al pagamento dell'imposta sul valore aggiunto. Tenendo fermo il confine minimo a 258 euro, la sanzione si abbatte al 3% dell'imposta, nettamente più bassa rispetto alla casistica precedente.

Dal punto di vista soggettivo, committente e cessionario sono responsabili solidalmente per il pagamento impositivo e sanzionatorio. Nei casi di mancata fatturazione delle prestazioni intercorse, invece, grava solo sul prestatore una sanzione che oscilla tra il cinque e il dieci per cento del corrispettivo non fatturato; l'unico adempimento riferibile al committente in tale contesto risiede nella regolarizzazione dell'omissione, in ottemperanza a quanto disposto dall'art. 8 del Dl. 471/97. Obbligatoria in ogni caso l'inversione contabile.

Occorre sottolineare come le violazioni appena descritte difficilmente arrechino un danno reale all'Erario. Nella maggior parte dei casi infatti l'imposta sul valore aggiunto costituisce di fatto una posta di giro neutrale nei confronti dell'Amministrazione Finanziaria; se esistono invece limiti di detraibilità in capo ai soggetti coinvolti, la mancata o errata applicazione della normativa pone le basi per l'individuazione di un atteggiamento sottrattivo in riferimento alle casse erariali.

A tal proposito la Statuto del Contribuente, all'art. 10 comma 3, sottolinea come le sanzioni non debbano essere irrogate quando le medesime si traducano in una mera violazione formale senza alcun debito di imposta. Risulta dunque difficile comprendere la mancata applicazione del principio appena enunciato ai casi di specie, fatti salvi i ragionamenti enucleati in precedenza.
Sanzioni poco giustificate dunque, soprattutto se sull'altro piatto della bilancia non trova collocazione un reale torto arrecato alle entrate dello Stato.